Tras haber sido derrotado por el gigante negro Armaros, el Súper EVA perdió el Center Trigonus, su portentoso corazón, y ahora debe aprender a vivir con un abominable dispositivo incrustado en su pecho.
Al mismo tiempo, Trois y Quatre continua Ia búsqueda de sus propias individualidades, y Asuka se convertirá en la Crimson Al tras haberse fusionado con la Unidad O2.
¿Tendrá éxito el contraataque a gran escala con el que la humanidad tratará de frenar a Armaros y sus secuaces? ¿O esta vez nada evitará que se cumpla el Proyecto de Complementación Humana? ¿Cuál será el destino de los Niños errantes?
Este relato alternativo de Evangelion, retomado una década más tarde, parte de una disyuntiva con el episodio 24 del anime.
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