La historia nos traslada a una ciudad distópica, concebida para ser perfecta, donde existe el cuidado para todo ser vivo, donde todos otorgan su lealtad absoluta a la ciudad.
Shion, un chico que creció en la élite, elegido para ser el mejor entre los suyos, repentinamente pierde sus privilegios por haber protegido a un fugitivo de la ley que portaba un VC (chip de violencia): alguien que se hace llamar Nezumi (rata en japonés), quien le dice que esa ciudad está hecha para lavarle el cerebro a la gente, aunque Shion ya intuÃa algo de esto.
Cuatro años después, en medio de incidentes por los que se busca culpar a Shion de cometer un crimen en el que no tuvo nada que ver, Nezumi reaparece para salvarlo. Junto a él, descubrirá la verdad oculta detrás de esa ciudad ideal y perfecta conocida como Nº 6.
